వ్యతిరేకంగా వ్యవహరించటం ప్రజలకు ప్రాణాంతకమయ్యింది. ఆంగ్ల అధికారుల అభిమతాన్ని, పెత్తనాన్ని ఏమాత్రం నిరసించినా ప్రజలకు ముళ్ల కొరడాలతో దెబ్బలు, జైలుశిక్షలు, చిత్రహింసలు అనునిత్యం అనివార్యమయ్యాయి.
ఆ సమయంలో బెంగాలు నవాబుగా అధికారాలను చేపట్టగానే మీర్ ఖాశిం స్వతంత్రంగా వ్యవహరించడం ఆరంభించారు. ప్రజల హితవుకు భిన్నంగా ఆంగ్లేయులు, వారి వత్తాసుదారులు సాగిసున్న దుర్మార్గాలను సహంచలేకపోయారు. ఆ వాతావరణంలో మిన్నకుంటే లాభం లేదనుకున్న మీర్ఖాశిం కంపెనీ అధికారుల, ఉద్యోగుల నిర్వాకాన్ని ఎండగడ్తూ కంపెనీ ఉన్నతాధికారుల కౌన్సిల్కు 1762 మేలో లేఖ రాశారు. ఆ లేఖకు కంపెనీ పాలకుల నుండి అనుకూల స్పందన లేకపోగా ఆంగ్లేయుల దోపిడీ, వేధింపులు మరింత పెరిగాయి. గత్యంతరం లేని పరిస్థితులలో కంపెనీ పాలకులతో మీర్ ఖాశిం ఘర్షణకు సిద్దపడి 1762లో తన రాజధానిని ముషీరాబాదు నుండి మాంఘీర్ (Monghir) కు మార్చారు. ఆంగ్లేయులకు ప్రసాదించిన ప్రత్యేక అనుమతులను రద్దుచేశారు. ఈ నిర్ణయంతో మండిపడిన కంపెనీ అధికారి ఎల్లీస్ (Ellis), నవాబు రాజ్యంలోని పాట్నా పట్టణాన్ని చుట్టుముట్టి స్వాధీనం చేసుకోనడనికి ప్రయత్నించగా మీర్ ఖాశిం తన బలగాలతో ఆంగ్ల మూకలను మట్టి కరిపించి తరిమికొట్టారు.
ఈ విధంగా ఆంగ్లేయులు ప్రారంభించిన పోరాటం క్రమంగా యుద్ధంగా రూపు దిద్దుకు ని, 1763 జూన్ 10న మీర్ ఖాశిం ఆంగ్లేయులను ఎదుర్కొన్నారు. ఆ యుద్దంలో ఆంగ్లేయులది పైచేయి కావటంతో మీర్ ఖాశిం రణభూమి నుండి తప్పుకుని అయోధ్య చేరుకున్నారు. స్వజనుల పాలిట శాపంగా మారిన ఆంగ్లేయులను ఎలాగైనా తమ దేశం నుండి తరిమికొట్టాలనుకున్న మీర్ ఖాశిం అయోధ్య నవాబు షుజావుద్దౌలా, ఢల్లీ చక్రవర్తి షా ఆలం-2 ల బలగాలతో కలసి మరోమారు కంపెనీ సెన్యాలతో బక్సర్ అను ప్రాంతంలో తలపడ్డారు. ఆ చరిత్మ్రాక యుద్ధంలో ఆంగ్లేయుల కుతంత్రం వలన షుజావుద్దౌలా, షా ఆలం సైన్యాలు పూర్తిగా రణరంగంలోకి దిగకపోగా, ఇతరులు మీర్ ఖాశింకునైతికమద్దతు ఇవ్వటం వరకు పరిమితమయ్యి ప్క్షకపాత్ర నిర్వహించారు.
ఆ కారణంగా మీర్ ఖాశిం నాయకత్వంలో ఉమ్మడి సేనలు ఎంతగా పోరాడినా, సమన్యయం కరు వుకావటంతో1764 అక్టోబరు 22న మీర్ ఖాశిం బలగాలకు పరాజయం తప్పలేదు. ఆంగ్లేయ శత్రువుకు ఏమాత్రం లొంగకుండా రణభూమి నుండి తప్పుకుని రహస్య ప్రదేశాలలో సంచరిస్తూ, మళ్ళీ పోరాటం చేసేందుకు విఫల ప్రయత్నాలు చేస్తూ, ఆ క్రమంలో 1777లో ఢిల్లీ సమీపాన మీర్ ఖాశిం కన్నుమూశారు.